מדינות האיחוד הכירו בעיקרון עליונות משפט האיחוד על-פני המשפט הלאומי-הפנימי שלהן. כמו כן, בית-המשפט האירופי לצדק פיתח שתי דוקטרינות משפטיות באשר למעמד משפט האיחוד האירופי במדינות החברות באיחוד.
אמנת ליסבון הובילה לשינויים במבנה המערכת המשפטית והתפיסה המשפטית של האיחוד האירופי. האיחוד שינה את מבנהו ממבנה העמודים (ע"ע פוליטיקה), לשלד מוסדי שונה, בעל סמכות והכרה משפטית בכלל מוסדותיו.
